感染性疾病的诊断治疗，肝病研究，幽门螺杆菌感染的研究，以及腹泻病（急性、迁延性慢性腹泻病），腹痛（包括食管炎、急慢性胃炎，十二指肠球炎、消化性溃疡以及其他原因引起的腹痛），呕吐（再发性呕吐、胃食管反流、十二指肠胃反流、胃扭转等）；腹胀；营养性疾病；胰腺炎（急性、慢性），便秘，急性中毒，炎症性肠病等治疗，胃镜检查和治疗方面有多年经验。

广州市儿童医院十分重视重点学科的建设，新生儿专业、神经康复专业、心血管专业、重症监护室、口腔专业、新生儿外科为重点专业。新生儿专业是广东省新生儿专业技术人员的培训中心，技术和设备在国内处于**水平，2005年新生儿?救成功率为93.23%；神经康复专业使用中西医结合的方法为患有神经、精神、心理、行为等障碍的儿童提供高水平的预防和保健、康复治疗服务；心血管专业在国内最早采用超声引导球囊房间隔造口技术姑息治疗新生儿危重先天心脏病，并开展小儿动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄、房间隔缺损等病的介入治疗，疗效显著，2005年开展心胸外科手术244台；广州市重症儿童救治中心由重症监护室（ICU）、新生儿重症监护室（NICU）和急诊科组成，创立的广东地区新生儿危重病救治网络为全国首创，配备现代化装备和先进的奔驰救护车3辆，出车达全省每一地区及周边省份， 2005年转运病人出车行程约19.8万公里，共计881人次(未含MR检查出车)；口腔专业在全国较早开展婴儿期腭裂手术，手术患儿最小年龄为2个月，2005年唇腭裂手术达416台。,广州市儿童医院的特色专业也得到长足的发展，消化专业的小儿胃镜、呼吸专业的纤维支气管镜、儿外科的腹腔镜使用技术日趋成熟。内分泌专业加强了内分泌实验室的建设；肾脏专业的血液透析，血液灌流、血液滤过、血液净化等治疗技术在抢救危重病人中发挥了一定作用；耳鼻喉专业的小儿耳鼻喉内窥镜检查、小儿听力检测和评估、小儿睡眠呼吸障碍综合症的诊断及治疗在华南地区乃至全国处于**水平。眼科开展了社区儿童眼保健工作，推动了广州市儿童眼保健事业的发展。