准格尔旗中蒙医医院是一所集医疗、预防、保健、教学、康复为一体的具有中蒙医特色的“三级乙等中医蒙医综合医院”。1981年建院，2002年12月医院由沙圪堵镇整体搬迁至薛家湾镇。2005年5月开始在薛家湾新建医院，2006年3月新建医院正式投入使用。医院总占地面积12000平方米，医院总建筑面积20000平方米。由门诊楼、医技楼、东、西住院楼、行政后勤楼、感染性疾病楼等六部分组成。
医院开放病床400张，现有职工363人，其中：**职称34人，中级职称49人，硕士研究生17人。医院内设办公室、人事科、医务科、护理部、科教科、财务科、总务科、药剂科、质控科、感染管理科、信息科、物价审计科、医疗设备科、预防保健科、工会等行政职能科室和急诊科、内一科（肺病心血管病科）、内二科（综合内科）、内三科（脑病科）、外科、骨伤科、妇产科、儿科、针灸推拿科、肛肠科、皮肤性病科、蒙医学科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、重症医学科、手术麻醉科、检验科、放射科（ct室、x光室）、功能科（彩超室、心电图室、脑血流图室）、内窥镜室、病理科等临床医技科室。拥有美国ge螺旋ct、美国菲利浦iu-22彩超、日本岛津胃肠造影机、日本奥林巴斯全自动生化分析仪、德国西门子化学发光仪、日本奥林巴斯电子胃肠镜、美国菲利浦高精度监护仪、日本西森美康尿沉渣自动分析仪、日本光电五分类自动血球计数仪、罗氏血气分析仪、肺功能仪、德国drager多功能麻醉机、德国evita4呼吸机、全自动血凝仪、c型臂x光机、酶标仪、经颅多普勒、除颤仪、病理设备等先进诊疗设备及辩证治疗仪、电脑骨伤治疗仪、肛肠科综合治疗仪、脑循环治疗仪、智能通络治疗仪、熏蒸床、康复设备等一批中医诊疗设备。
我院十分重视专科专病建设，2006年针灸推拿科被鄂尔多斯市卫生局确定为全市中蒙医特色重点专科，2007年被国家中医药管理局确定为中医特色专科建设单位。脑病科、儿科、肺病科、肛肠科是我院重点专科，今后重点发展肾病科、脾胃病科、骨伤科、蒙医科及糖尿病专科。共设中蒙医特色的32个专病门诊，逐步形成院有专科、科有专病、人有专长。 我院为自治区“百佳医院”、市级“文明单位”、全市“执行物价收费政策**单位”、全市“民族团结进步先进集体”，2007年3月市急救中心确定医院为120急救站。2007年6月和11月份先后与内蒙古医学院附属医院和内蒙古医院达成协作医院，2010年4月16日与北京中医药大学东直门医院达成对口支援协议。2012年7月6日与内蒙古医科大学中医学院达成临床教学医院协议，与内蒙古中医医院达成对口支援协议。医院2008年被鄂尔多斯市人民政府授予蒙中医工作先进集体称号。我院为“准旗新型农村合作医疗”、“准旗城镇职工基本医疗保险”、“准旗城镇居民医疗保险”、“准能职工医疗保险”、“准能工伤医疗保险”、“准旗人寿保险”定点医院，同时我院是全旗征兵体检及残疾人鉴定指定单位。
近年来，医院引进先进的医院信息管理网络体系，全面实现数字信息化及院内“一卡通”，率先在全区旗县级医院实现全面信息化管理，患者只要持卡，就可实现挂号、收费、就诊、取药、住院等一系列服务。同时我院设置了自动排队叫号、自助挂号、自助缴费、自动打印检查化验结果系统，大大方便患者的就诊。2010年1月我院被国家中医药管理局评定为全国18家“中医医院信息化示范单位”之一，是全区--的一家中医医院。2011年被国家中医药管理局确定为“全国中医医院电子病历试点单位”。
我院坚持以“抓医疗质量，创社会效益，树医德医风，让群众满意”为办院宗旨，全院职工正以“团结、奋进、求精、创新”的精神，向 “自治区名中蒙医医院”的目标而奋斗。